Le problème principal, lors du passage de la phase projet à l'exploitation, est la collaboration insuffisante, au niveau opérationnel, entre les experts, l'exploitation des systèmes, le support aux utilisateurs et les prestataires externes de services. Les conséquences de ces manques sont des problèmes plus ou moins gênants dans la prise en compte des dysfonctionnements et des améliorations fonctionnelles, entrainant retard de traitement et insatisfaction des utilisateurs.